Устойчивость микроорганизмов к антибиотикам является важной проблемой в области здравоохранения. Новый доступный портал AMR собрал все данные по этой теме и предлагает исследователям со всего мира делиться своим опытом.
Устойчивость к противомикробным средствам (Antimicrobial resistance, AMR) является все более актуальной проблемой в здравоохранении. Она снижает эффективность жизненно важных методов лечения и увеличивает риск осложнений при стандартных медицинских процедурах.
Для поддержки глобальных исследований в сфере устойчивости к противомикробным средствам Европейский институт биоинформатики EMBL запустил портал AMR — информационный центр, объединяющий бактериальные геномы, фенотипы резистентности и функциональные аннотации.
Первая версия портала AMR основана на наборе данных Имперского колледжа Лондона, полученном в рамках проекта «Комплексная оценка прогнозирования устойчивости бактерий к противомикробным препаратам на основе генотипов» (CABBAGE). Сайт обеспечивает долгосрочную доступность, стандартизацию и возможность повторного использования данных.
«Устойчивость к противомикробным препаратам — одна из самых актуальных проблем в области глобального здравоохранения, — отметила Хелен Паркинсон, руководитель отдела в EMBL. — Создание портала AMR объединяет усилия исследователей из Имперского колледжа и специалистов EMBL для обеспечения глобального доступа к знаниям о геномике и устойчивости к антибиотикам. Это закладывает основу для исследований в области устойчивости к противомикробным препаратам и упрощает доступ для пользователей по всему миру».
Что предлагает портал AMR?
Портал AMR объединяет как экспериментальные, так и вычислительные данные, что позволяет ученым исследовать, как генетические вариации влияют на устойчивость к антибиотикам.
Пользователи могут анализировать следующие наборы данных:
- Значения минимальной ингибирующей концентрации, которые обозначают наименьшую концентрацию противомикробного средства, препятствующую росту определенного микроорганизма;
- Чувствительность микроорганизмов к антибиотикам;
- Маркеры резистентности, созданные с помощью аннотирования EMBL, которые позволяют выявлять известные гены резистентности и мутации в ДНК;
- Примеры метаданных, включающие информацию о бактериях в образце, методах эксперимента и источниках данных.
Предоставляя высококачественные структурированные метаданные, портал AMR также создает основу для обучения и тестирования систем машинного обучения, которые могут прогнозировать резистентность на основе последовательностей ДНК, а также улучшать методы выявления и мониторинга устойчивости.
Леонид Чинделевич, доцент кафедры устойчивости к противомикробным препаратам в Имперском колледже Лондона, подчеркивает, что целью разработчиков базы CABBAGE было собрать все открытые данные о геномике и устойчивости к противомикробным препаратам в едином формате, пригодном для многоразового использования.
Сотрудничество с EMBL по
Фото: hi-tech.mail.ru